Hastalık yapan mikroorganizmaları yok etmek için alınan bir çok ilaç vücut için gerekli mikroplara da zarar vererek vücudun dengesini bozup başka şikayetlere yol açabilir. Örneğin kullanılan bir antibiyotik vajinal mantarların üremesini kolaylaştırır. Ayrıca ağızdan alınan birçok ilaç karaciğer ve böbrekte fonksiyonlarını da olumsuz etkileyebilir. Onun için jinekolojik iltihaplar tedavisinde, ozonun mikrop öldürücü etkisinden güvenle yararlanabiliriz. Ozon terapi, vajinal enfeksiyonlarda mikrop öldürücü etkisinin yanında ağrı, yanma, kaşınma gibi şikayetlerde de hızla düzelme sağlar. Özellikle bağışıklık sisteminin düşük olmasına bağlı sıkça oluşan vajinal enfeksiyonlarda, sistemik ozon uygulamaları vücudun bağışıklık sistemini geliştirerek tekrarlayan enfeksiyonları önlemiş olur. Bazı durumlarda özellikle kronik vajina mantarlarında ,ilaçlarla herhangi bir çözüm üretilemez. Bu durumlarda ozon tedavisi gerek kan yolu ile gerekse vajinal insufilasyon yolu ile (ozonun direkt vajinaya cateter vasıtası ile verilmesi ) hızlı ve kesin çözümler alınabilmektedir.